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1、计算加班的小时最低工资标准的方法：员工在正常的工作日加班的，每小时的加班费不低于其小时工资的百分之一百五十；在休息日加班的，每小时的加班费不低于其小时工资的百分之二百；在法定休假日加班的，每小时的加班费不低于其小时工资的百分之三百。
2、《中华人民共和国劳动法》第四十三条
3、用人单位不得违反本法规定延长劳动者的工作时间。
4、有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
5、（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
6、（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
7、（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
8、劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。具体办法由国务院规定。
计算加班工资时直接按照最低工资计算肯定是不合法的，就算劳动合同中可以约定加班工资的计算基数，但加班工资的计算基数应该以各项工资总和计算，不能直接以职工的基本工资计算，若没有约定加班工资的计算基数，就应该以实际工资计算加班费。
加班按照最低工资计算加班费是不合法的，加班工资的计算基数按以下标准确定:
1、如果劳动合同明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费的计算基数。应当注意的是，如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以“基本工资”、“岗位工资”或“职务工资”单独一项作为计算基数。
2、如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为加班费的计算基数。凡是用人单位直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等都属于实际工资，具体包括国家统计局《关于工资总额组成的规定若干具体范围的解释》中规定“工资总额”的几个组成部分。但是应当注意一点，在以实际工资都可作为加班费计算基数时，加班费、伙食补助和劳动保护补贴等应当扣除，不能列入计算范围。
第四十四条有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬:
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
三、工作时间和休息休假的规定有哪些?
第三十六条国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
第三十七条对实行计件工作的劳动者，用人单位应当根据本法第三十六条规定的工时制度合理确定其劳动定额和计件报酬标准。
第三十八条用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
第三十九条企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。
第四十条用人单位在下列节日期间应当依法安排劳动者休假:
(五)法律、法规规定的其他休假节日。
第四十一条用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时;因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
事实上，劳动者应该让公司在合同中约定清楚加班工资的计算基数，不过，公司约定的计算基数如果不合法的话，当时就应该让公司予以修改，总的来说，公司直接以最低工资算加班费的做法是不合理的。
1、加班工资是按照劳动合同上约定的每小时工资来计算的，普通休息日加班的按照200%来计算加班工资，如果能安排其他时间调休，是可以不按双倍工资计算的，普通年假是不算假日三倍工资的，只有法定节假日，如五一、十一期间加班是按三倍工资计算，但三倍工资只有五月一日一天，十一是十月一日到三日按三倍工资计算。
2、根据《工资支付暂行规定》第十三条用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按以下标准支付工资：
3、（一）用人单位依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资；
4、（二）用人单位依法安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资；
5、（三）用人单位依法安排劳动者在法定休假节日工作的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。
6、实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述规定的原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。
7、《中华人民共和国劳动法》第四十四条有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
8、（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
9、（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬
10、（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
11、参考资料来源：百度百科——工资支付暂行规定
加班费按最低工资给，一般是不合法的。加班费的具体数额可由用人单位与劳动者协商决定，适用意思自治原则，但是一般情况下约定加班费的具体数额时，应注意：加班费的计算基数不得畸低于劳动者正常工作时间的工资标准；且加班费计算基数不得低于最低工资标准。
如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为计算基数。凡是用人单位直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等都属于实际工资。但是应当注意一点，在以实际工资都可作为加班费计算基数时，加班费、伙食补助和劳动保护补贴等应当扣除，不能列入计算范围。
在确定职工日平均工资和小时平均工资时，应当按照劳动和社会保障部关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知劳社部发[2008]3号规定，以区别2000年版，以每月工作时间为21.75天和174小时进行折算。
实行计件工资的，应当以法定时间内的计件单价为加班费的计算基数。
加班费的计算基数低于当地当年的最低工资标准的，应当以日、时最低工资标准为基数。
第三十六条国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
第三十七条对实行计件工作的劳动者，用人单位应当根据本法第三十六条规定的工时制度合理确定其劳动定额和计件报酬标准。
第三十八条用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
第四十一条用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
最低工资标准是指员工在正常上班时间内最低不得低于多少的工资。而在加班时间另外计算，按照最低工资标准的小时工资乘以1.5倍、2倍、3倍来进行计算加班费。最后最低工资为底薪加加班费。
第五条最低工资标准一般采取月最低工资标准和小时最低工资标准的形式。月最低工资标准适用于全日制就业劳动者，小时最低工资标准适用于非全日制就业劳动者。
第六条确定和调整月最低工资标准，应参考当地就业者及其赡养人口的最低生活费用、城镇居民消费价格指数、职工个人缴纳的社会保险费和住房公积金、职工平均工资、经济发展水平、就业状况等因素。确定和调整小时最低工资标准，应在颁布的月最低工资标准的基础上，考虑单位应缴纳的基本养老保险费和基本医疗保险费因素，同时还应适当考虑非全日制劳动者在工作稳定性、劳动条件和劳动强度、福利等方面与全日制就业人员之间的差异。月最低工资标准和小时最低工资标准具体测算方法见附件。
